Γεννήθηκε στους Αμπελόκηπους της Αθήνας το 1964 και είναι κόρη του Γιώργου Γεννηματά, ιδρυτικού μέλους και υπουργού του ΠΑΣΟΚ.
οίτησε στα Εκπαιδευτήρια Κωστέα Γείτονα και στη συνέχεια σπούδασε πολιτικές επιστήμες στο Πανεπιστήμιο Αθηνών απ’ όπου αποφοίτησε το 1987, ενώ το 1986 , προτού αποφοιτήσει από το Πανεπιστήμιο, διορίστηκε υπάλληλος στην Εθνική Τράπεζα. Σε ηλικία 51 ετών ήταν ήδη πρόωρα συνταξιούχος τραπεζικός υπάλληλος, κάτι για το οποίο έχει δεχτεί κριτική. Η σύνταξη αυτή είναι σε αναστολή γιατί σήμερα έχει την ιδιότητα της βουλευτή.
Έχει παντρευτεί δύο φορές και έχει τρία παιδιά. Πρώτος σύζυγος της Φώφης Γεννηματά ήταν ο Αλέξανδρος Ντέκας η εταιρεία του οποίου το 1994 ανέλαβε από την Κτηματολόγιο Α.Ε. να υλοποιήσει το για πρώτη φορά συντασσόμενο ελληνικό κτηματολόγιο . Παντρεύτηκαν όταν η Φώφη ήταν 22 ετών[8] και απέκτησαν μαζί μία κόρη. Ο δεύτερος σύζυγός της είναι ο Ανδρέας Τσούνης τον οποίο παντρεύτηκε το 2003 . Ο Α. Τσούνης είναι οδοντίατρος και ο οποίος εργαζόταν στο νοσοκομείο του Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού Ερρίκος Ντυνάν από το οποίο παραιτήθηκε το 2014 τη χρονιά που αυτό πέρασε στα χέρια της Τράπεζας Πειραιώς . Μαζί απέκτησαν μια κόρη και έναν γιό.
Το 2008 διαγνώστηκε με καρκίνο του μαστού.
